Чтобы ответить на этот вопрос, надо знать про малыша какого возраста вы спрашиваете.
Если малыш до введения прикорма, у них как правило не бывает запора. А вот если запор, то вызвать его могут и микрофлора, передающаяся от мамы, и недостаточный объем жидкости, и стресс.
А вот если малыш постарше, то тут много может быть причин. И стах перед горшком, и погрешности в питании мамы, и неправильный прикорм малыша. И даже врожденные аномалии ЖКТ. Но лучше посоветоваться с грамотным врачом, чтобы выявить истинную проблему.